При этом в кабину к ним подсел машинист-инструктор, который в ходе проверки регламента переговоров не отметил никаких нарушений. В первой половине дня электропоезд сделал несколько поездок между Таллином и Клоогаранна, а в 15:01 прибыл на 9-й путь Балтийского вокзала. Была первая суббота октября, и в тот день на вокзале выдавали зарплату. Так как в 15:21 электропоезд должен был отправляться в Вазалемма, то машинист и помощник сбегали в кассу за деньгами. Когда они вернулись в электропоезд, до отправления оставалось 5 минут.
В это время к Балтийскому вокзалу приближался электропоезд ЭР1-122 сообщением Палдиски - Таллин, которым управляли машинист Анатолий Милютин (41 год) и помощник Станислав Сумишевский (39 лет). Время прибытия на 8-й путь вокзала по расписанию было 15:20, после чего с 9-го пути должен был отправиться поезд на Вазалемма. Однако поезд отставал от расписания, поэтому на станцию прибывали со скоростью 39 км/ч. Тем временем, на 9-м пути посадка пассажиров затягивалась, поэтому машинист начал шипеть вентилями питания автодверей. На этой же платформе стояли и разговаривали несколько машинистов, которые уже закончили работу. Они видели на выходном светофоре с 9-го пути красный сигнал, поэтому шипению дверей не придавали значения. Неожиданно в 15:23 они увидели, что двери закрылись и электропоезд отправляется от платформы под запрещающее показание светофора. Они стали показывать находящемуся в служебном тамбуре Аади Мяэ сигналы остановки, но тот не придал им значения.
8-й и 9-й пути разделялись за полторы-две сотни метров от вокзала и на всем протяжении затем между ними шел высокий забор. Вкупе с изгибами путей это привело к тому, что локомотивная бригада отправляющегося электропоезда не подозревала об опасности. Электропоезд уже проехал всю платформу, и Аади зашел в кабину, когда бригады электропоездов наконец увидели друг друга. Применение экстренного торможения из-за высоких скоростей и малого расстояния оказалось запоздалым. В результате лобового столкновения головной вагон поезда ЭР1 из Палдиски взлетел на крышу поезда ЭР2 на Вазалемма, а затем рухнул с высоты на путь. Его кабина была сразу уничтожена, а бригада погибла на месте. Бригада поезда на Вазалемма оказалась изранена осколками лобового стекла и зажата искореженным металлом.

В результате катастрофы было разбито несколько вагонов, пострадали 55 человек, из них 9 погибли.

17 августа 1977 года около 11 часов утра у одной из платформ стоял курсировавший по маршруту Москва-Пушкино электропоезд, который по расписанию должен был в ближайшее время отправиться в Москву. Немногим ранее к соседней платформе должен был прибыть поезд из Загорска, который тоже следовал до Москвы. Но так как прибытие этого поезда задерживалось и было непонятно, который из поездов в итоге отправится раньше, многие пассажиры стояли на платформах и непосредственно на пешеходном мосту, чтобы успеть на загорскую электричку, в случае если она все же опередит пушкинскую. Вскоре по громкой связи действительно было объявлено о прибытии поезда Загорск-Москва, и большое количество пассажиров потянулось на мост, чтобы перейти на нужную платформу. Но как раз за считанные минуты до этого на станцию прибыл еще и обратный электропоезд из Москвы, и за счет вышедших из него пассажиров на мосту уже находилось значительное количество людей. Когда поезд из Загорска стал приближаться к станции, на мосту образовалась давка, в результате чего одна из опор не выдержала нагрузки и обрушилась; проходившая по ней часть пролета моста в считанные секунды критически накренилась, оборвала протянутую ниже контактную сеть электропоездов и рухнула вниз вместе с большой частью находившихся на мосту людей. Несмотря на то, что высота падения не превышала десяти метров, было большое количество убитых и искалеченных: многие упали прямо под колеса прибывающего и не успевшего затормозить загорского поезда, некоторые погибли от поражения электрическим током от контактной сети или были прибиты падающими вслед за ними развалинами и людьми. В итоге, по официальным данным, погибли более 20 человек, еще более сотни получили ранения и увечья. О происшествии в официальной прессе сообщено не было. Точное число жертв и их имена до сих пор неизвестны. Мемориальная доска в память о погибших так и не была установлена.
Разрушенный мост был заменен на новый в течение ближайших месяцев, однако уже в 1978-1979 годах на станции Пушкино был построен подземный переход, соединяющий все три посадочные платформы, и пешеходный мост окончательно разобрали.